Det var eit stort lokalt engasjement som var grunnlaget då Herdla fekk sitt eige museum i 1995. Med god hjelp frå Forsvaret og med støtte frå Askøy kommune starta arbeidet med å byggja eit eldre bustadhus ved Herdlevågen om til museum. På rekordtid stod museet ferdig og den 8.mai 1995, på dagen 50 år etter frigjeringa, kunne Fylkesmann Håkon Randal klippa snora.
Museet opna som eit reint krigshistorisk museum, men etter kvart vart det også plass for andre tema som lokalhistorie, geologi og fugleliv. I løpet av 1990-talet blei parken rundt museet utvikla. Det kom på plass ei støtta til minne om emigrantskipet «De Zee Ploeg» sitt havari i 1817 og ei gammal tyskarbrakke blei gjenreist på området.
Den neste store milepålen kom i 2005 då Herdla museum slutta seg til den regionale museumseininga «Museum Vest». Same året blei det tyske jagarflyet Gul-16 funne utafor Solsvik og deretter heva av Forsvaret året etter. Initiativet til søket kom frå lokale entusiastar som ville at flyet skulle stillast ut på Herdla, basen det tok av frå i 1943. Norsk Luftfartsmuseum slutta seg til tanken og i 2010 kunne Herdla museum opna flyutstillinga i ein tidlegare lagerhall inn på Herdla fort. Fortet var omgjort frå militærbase til friluftsområde berre eit par år tidlegare og med flyutstillinga på plass var det på det reine at det var her museet si framtid låg.
Då museet i 2013 overtok ansvaret for formidlinga av Herdla torpedobatteri blei det enda tydlegare kva veg det bar. Planar for eit nybygg på fortet blei lansert alt i 2010, men det var først med nye planar om eit enklare bygg at det blei fortgang. I 2014 blei det fatta kommunalt vedtak om finansiering og i august 2017 stod nybygget ferdig.
Med eit flott nybygg lokalisert inne i eit av dei mest populære friluftsområda kunne museet nå ut langt vidare enn før. Ikkje minst var det viktig å få på plass eit skikkeleg kafétilbod.
Sidan det nye museet opna er det kome på plass ei fast utstilling «Herdla – knutepunkt og heimstad» i 2. høgda i nybygget. Elles har museet satsa på å skiftande utstillingar i ulike sjangrar. Dei siste åra har museet etablert eit samarbeid med Statsforvaltaren i Vestland knytt til forvaltinga av naturreservatet og då med særleg fokus på tiltak som kan hjelpa vipene på Herdla med å få fram ungar.